Logiciel comptable petite société : compatible e-facturation ?

Comparatif des principales solutions de comptabilité pour TPE et PME. Analyses approfondies des tarifs, fonctionnalités essentielles et avis d’experts pour optimiser votre gestion financière. Identifiez l’outil comptable adapté pour automatiser vos processus et gagner en productivité.

Logiciel comptable petite société : compatible e-facturation ?

Mis à jour le 22 septembre 2026.

Ce que change la facturation électronique dans le choix d'un logiciel comptable

Depuis le 1er septembre 2026, une petite société doit pouvoir recevoir ses factures électroniques via une plateforme agréée. L'émission et le e-reporting deviennent obligatoires pour les TPE et PME le 1er septembre 2027.

Votre logiciel comptable doit donc gérer la réception et préparer l'émission, soit avec sa propre plateforme agréée, soit avec un connecteur documenté. Une simple exportation PDF ne répond pas à ce besoin.

Quels logiciels du comparatif sont plateforme agréée ou s'y connectent ?

SolutionPositionnement e-facturation à contrôler
PennylanePlateforme agréée intégrée annoncée par l'éditeur.
TiimePlateforme agréée intégrée annoncée par l'éditeur.
IndyService de plateforme agréée annoncé pour les indépendants et TPE.
AxonautÉditeur présent parmi les plateformes agréées. Vérifiez l'offre incluse.
CegidVérifiez la gamme et le service de plateforme associé avant de souscrire.
SageVérifiez le connecteur et le périmètre exact de la version Sage retenue.
HenrriVérifiez le partenaire, l'offre et les fonctions de réception et d'émission.
iToolConnexion et plateforme à confirmer sur la documentation de l'offre.
FreshBooksAucune plateforme française native ne doit être supposée sans confirmation écrite.

La liste officielle de la DGFiP reste la source de contrôle. Vérifiez le nom juridique de l'opérateur, car il peut différer de la marque du logiciel.

Cegid pour une petite société : quelle gamme choisir ?

La marque Cegid couvre plusieurs publics. Consultez la fiche de la gamme Cegid, puis la page Cegid Business pour un besoin de très petite structure. Ne choisissez pas sur le seul nom de l'éditeur.

Logiciel comptable gratuit : ce qui est réellement inclus

Indy, Tiime et Henrri proposent des entrées gratuites, mais leur périmètre diffère. Comparez la facturation, l'export comptable, le nombre d'utilisateurs et surtout le service de plateforme agréée inclus.

Une formule gratuite reste adaptée si elle couvre votre statut et votre volume sans double saisie. Sinon, comparez le coût du palier payant avec une migration future. Le comparatif des logiciels comptables gratuits détaille ces limites.

Ilan Lemos
Ilan Lemos·Expert Logiciel de Gestion
15 janvier 2026
22 septembre 2026
6 min
Méthodologie

Notre verdict en 30 secondes

Pennylane convient aux petites sociétés qui veulent collaborer avec leur cabinet dans le même environnement. Sage 100 vise des processus plus structurés. Axonaut réunit gestion commerciale et facturation. Pour chacun, la plateforme agréée et les fonctions incluses doivent être vérifiées dans l'offre réellement souscrite.

🚀 Pennylane : Comptabilité moderne et collaborative
🏢 Sage 100 : Référence pour PME établies
🇫🇷 Axonaut : Suite française tout-en-un

Logiciel comptable petite société : compatible e-facturation ?

Top 01
Pennylane

Pennylane

4.6/5

Pennylane est le logiciel de comptabilité français tout-en-un: facturation électronique, synchronisations bancaires, compte pro et cartes, pilotage de trésorerie en temps réel, collaboration native avec votre expert-comptable.

Points forts

  • Pilotage de trésorerie en temps réel

  • Synchronisations bancaires et paiements intégrés

  • Compte pro et cartes inclus pour centraliser les dépenses

Inconvénients

  • Automatisations avancées limitées sur le plan Basique

  • Tarifs qui montent avec la taille de l'entreprise et le nombre de salariés

Prix

14€ - 79€/mois HT

Utilisateurs

Par entreprise

Essai gratuit

14 jours

Support

Chat & Email

Top 02
Sage 100

Sage 100

4.0/5

Sage 100 : ERP modulaire pour PME alliant Comptabilité, Gestion commerciale, Facturation et Paie, conforme aux obligations françaises et pensé pour la croissance.

Points forts

  • Suite modulaire PME éprouvée (Compta, Gestion co, Paie)

  • Conformité française (FEC, DSN) et support local

  • Intégration poussée avec processus métiers

Inconvénients

  • Interface datée par rapport aux ERP cloud récents

  • Coût total élevé sur déploiements complets

  • Paramétrage et maintenance nécessitant expertise

Prix

À partir de 78€/mois HT (hébergé)

Utilisateurs

Par module utilisateur

Essai gratuit

14 jours

Support

Chat & Email

Top 03
Axonaut

Axonaut

4.6/5

Axonaut est une plateforme de gestion tout-en-un française pour TPE et PME qui regroupe CRM, facturation, trésorerie, stock, comptabilité, compte pro et davantage dans une interface claire et abordable.

Points forts

  • Plateforme 100% française tout-en-un : CRM, facturation, trésorerie, stock, comptabilité, compte pro et bien plus dans une interface claire et abordable

  • 320 000 utilisateurs et adoption continue : déployée par plus de 12 000 structures françaises

  • Application mobile complète (iOS et Android) avec API pour intégrations avancées + MCP pour la connexion avec les LLMs

Inconvénients

  • Périmètre étendu pouvant sembler surdimensionné pour les micro-entreprises qui n'ont besoin que d'un seul module

  • Fonctionnalités insuffisantes pour les ETI et grands comptes nécessitant un ERP avancé

  • Catalogue d'intégrations tierces plus réduit que celui des acteurs internationaux comme Salesforce ou HubSpot

  • Prise en main de l'ensemble des modules demande un temps d'adaptation, notamment pour les utilisateurs non-techniques

  • Module comptable adapté aux usages courants mais limité pour des besoins de comptabilité analytique poussée

Prix

À partir de 38 € HT/mois selon la durée

Utilisateurs

1 inclus (+29,99 €/user)

Essai gratuit

14 jours

Support

Chat & Email

Autres alternatives à considérer

Alternative
iTool

iTool

iTool by EBP est un outil de comptabilité en ligne avec liasse fiscale intégrée et gestion commerciale, conçu pour les TPE et PME qui veulent structurer leur gestion sans complexité excessive. Essai gratuit 30 jours.

Prix:

Dès 12€/mois (compta ou facturation)

Tarification transparente avec un positionnement abordable dès 12 €/mois

Liasse fiscale intégrée directement dans l'outil comptable

Alternative
Swapn Compta

Swapn Compta

Swapn Compta est un cabinet d'expertise-comptable français inscrit à l'Ordre. Il associe l'application Tiime à un accompagnement destiné notamment aux activités en BNC.

Prix:

29€/mois HT

Expertise comptable certifiée : Cabinet inscrit à l'Ordre des Experts-Comptables avec accompagnement personnalisé et suivi professionnel de votre activité BNC

Intégration Tiime complète : Application Tiime incluse pour le suivi en temps réel de votre comptabilité et gestion administrative simplifiée

Alternative
Indy

Indy

Indy est un logiciel français de comptabilité et de facturation pour indépendants. Son plan gratuit comprend la synchronisation bancaire, les devis, les factures et un compte pro optionnel.

Prix:

0 € ; Plus dès 9 € HT/mois en annuel

Plan gratuit permanent avec facturation et comptabilité automatisée

Synchronisation bancaire et catégorisation automatique des transactions

Alternative
Tiime

Tiime

Tiime : facturation gratuite et illimitée avec compte pro bancaire intégré, utilisé par 200 000+ entrepreneurs français.

Prix:

0 € ; Smart dès 17,99 € HT/mois en annuel

Facturation gratuite illimitée

Compte pro bancaire intégré

Alternative
Henrri

Henrri

Henrri est le logiciel de facturation gratuite du groupe Rivalis. Son offre Pro inclut les devis, factures, avoirs, utilisateurs et échanges de factures électroniques sans plafond.

Prix:

0 € ; Expert dès 12 € HT/mois en annuel

Factures, devis, avoirs et utilisateurs illimités dans l'offre gratuite

Émission et réception de factures électroniques incluses via la PA Pennylane

Alternative
FreshBooks

FreshBooks

FreshBooks simplifie la comptabilité et la facturation pour freelances et PME avec une interface épurée et un suivi du temps embarqué.

Prix:

Dès 16€/mois

Interface épurée et accessible, prise en main immédiate

Suivi du temps et facturation automatisés depuis les pointages

Alternative
Sage Business Cloud Compta & Facturation

Sage Business Cloud Compta & Facturation

Sage Business Cloud Compta & Facturation : comptabilité et facturation en ligne pour TPE, connexion bancaire automatique, conformité française (TVA, FEC) et application mobile.

Prix:

9.00€ - 25.00€/mois HT

100% cloud, accessible partout

Synchronisation bancaire et rapprochement automatisés

Alternative
Cegid

Cegid

Cegid regroupe plusieurs gammes distinctes sous une même marque. Cegid Business cible les TPE, Cegid Quadra les cabinets comptables. Cegid PME et Cegid ETI couvrent les structures de 2 000 à 5 000 salariés. Cette page vous aide à identifier la ligne adaptée à votre taille d'entreprise. Le tableau ci-dessous récapitule le périmètre, le mode de déploiement et le tarif relevé pour chaque gamme.

Prix:

À partir de 16.95€ HT/mois

Suite cloud ERP, comptabilité et RH modulaire et évolutive

Expertise par métier et par secteur (comptabilité, paie, retail)

Comparaison détaillée

LogicielPrixUsersFactu.FRMobileAPI
Pennylane
Pennylane
4.6
14€ - 79€/mois HTPar entreprise
Sage 100
Sage 100
4.0
78€/mois HT (hébergé)Par module utilisateur
Axonaut
Axonaut
4.6
38 € HT/mois selon la durée1 inclus (+29,99 €/user)
iTool
iTool
5.0
Dès 12€/mois (compta ou facturation)Forfait par plan (3–6 utilisateurs inclus)
Swapn Compta
Swapn Compta
4.9
29€/mois HT1-10 salariés
Indy
Indy
4.8
0 € ; Plus dès 9 € HT/mois en annuelMicro-entrepreneurs, entreprises individuelles, professions libérales, SCI, LMNP et sociétés à l'IS
Tiime
Tiime
4.8
0 € ; Smart dès 17,99 € HT/mois en annuelPar entreprise mensuel
Henrri
Henrri
4.7
0 € ; Expert dès 12 € HT/mois en annuelFreelances, auto-entrepreneurs, TPE de services et associations
FreshBooks
FreshBooks
4.2
Dès 16€/moisPar utilisateur (utilisateur supp. payant)
Sage Business Cloud Compta & Facturation
Sage Business Cloud Compta & Facturation
4.0
9.00€ - 25.00€/mois HTPar entreprise, multi-utilisateurs
Cegid
Cegid
3.6
16.95€ HT/moisSaaS ou licence par utilisateur

Questions
fréquentes

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