Meilleur logiciel Facturation Agréé pour Entreprise Individuelle

Découvrez notre classement des meilleurs logiciels de facturation électronique pour entreprises individuelles. Tous les outils présentés sont agréés PA/PDP et conformes à la réforme 2026.

Vous dirigez une entreprise individuelle (EI) et cherchez un logiciel de facturation électronique adapté ? On a testé 8 solutions agréées PA/PDP pour les entrepreneurs individuels au régime réel.

Ilan Lemos
Ilan Lemos·Expert Logiciel de Gestion
5 février 2026
3 min
Méthodologie

Pourquoi ce comparatif pour les entreprises individuelles ?

L'entreprise individuelle (EI) est un statut juridique qui permet d'exercer en nom propre avec une responsabilité limitée au patrimoine professionnel (depuis 2022). Contrairement à la micro-entreprise, l'EI au régime réel implique une comptabilité plus complète.

Avec la réforme de la facturation électronique 2026, les entreprises individuelles devront être équipées d'un logiciel conforme. La bonne nouvelle : plusieurs solutions sont parfaitement adaptées à ce statut, avec un bon équilibre entre simplicité et fonctionnalités comptables.

On a testé 8 logiciels adaptés aux entreprises individuelles, en évaluant leur gestion du régime réel simplifié et leur rapport qualité/prix.

Notre méthodologie

1

Test de chaque solution en configuration EI au régime réel

2

Évaluation de la gestion de la TVA (déclaration, crédit de TVA)

3

Test de l'export comptable pour l'expert-comptable

4

Vérification du statut PA/PDP sur le registre officiel de la DGFIP

5

Analyse du rapport qualité/prix pour les petites structures

6

Test de la collaboration avec un expert-comptable

Ce classement est établi en toute indépendance. Nous ne percevons aucune commission sur les ventes. Les éditeurs ne peuvent pas payer pour améliorer leur position.

Notre classement

🥇 Top 01
Pennylane

Pennylane

4.6/5

Découvrir
Pennylane est le logiciel de comptabilité français tout-en-un: facturation électronique, synchronisations bancaires, compte pro et cartes, pilotage de trésorerie en temps réel, collaboration native avec votre expert-comptable.

Points forts

  • Pilotage de trésorerie en temps réel

  • Synchronisations bancaires et paiements intégrés

  • Compte pro et cartes inclus pour centraliser les dépenses

Inconvénients

  • Automatisations avancées limitées sur le plan Basique

  • Tarifs qui montent avec la taille de l'entreprise et le nombre de salariés

Prix

14€ - 79€/mois HT

Utilisateurs

Par entreprise

Essai gratuit

14 jours

Support

Chat & Email

🥈 Top 02
Axonaut

Axonaut

4.6/5

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Axonaut est une plateforme de gestion tout-en-un française pour TPE et PME qui regroupe CRM, facturation, trésorerie, stock, comptabilité, compte pro et davantage dans une interface claire et abordable.

Points forts

  • Plateforme 100% française tout-en-un : CRM, facturation, trésorerie, stock, comptabilité, compte pro et bien plus dans une interface claire et abordable

  • 320 000 utilisateurs et adoption continue : déployée par plus de 12 000 structures françaises

  • Application mobile complète (iOS et Android) avec API pour intégrations avancées + MCP pour la connexion avec les LLMs

Inconvénients

  • Périmètre étendu pouvant sembler surdimensionné pour les micro-entreprises qui n'ont besoin que d'un seul module

  • Fonctionnalités insuffisantes pour les ETI et grands comptes nécessitant un ERP avancé

  • Catalogue d'intégrations tierces plus réduit que celui des acteurs internationaux comme Salesforce ou HubSpot

  • Prise en main de l'ensemble des modules demande un temps d'adaptation, notamment pour les utilisateurs non-techniques

  • Module comptable adapté aux usages courants mais limité pour des besoins de comptabilité analytique poussée

Prix

À partir de 34,99 € HT/mois

Utilisateurs

1 inclus (+29,99 €/user)

Essai gratuit

14 jours

Support

Chat & Email

🥉 Top 03
Sellsy

Sellsy

3.8/5

Découvrir
Sellsy est une suite française CRM et facturation regroupant gestion des ventes, devis, factures et trésorerie. Utilisée par 23 000+ entreprises, elle offre une API REST v2 et des applications mobiles pour centraliser la croissance des PME.

Points forts

  • Suite CRM + facturation native, conforme RGPD et hébergée en France

  • API REST v2 et intégrations, modules complémentaires (trésorerie)

  • Applications mobiles iOS et Android pour les équipes terrain

Inconvénients

  • Tarifs qui augmentent selon les modules et le nombre d'utilisateurs

  • Interface dense avec une courbe d'apprentissage pour les nouveaux utilisateurs

  • Offres et options multiples pouvant complexifier le choix

Prix

À partir de 29€/utilisateur/mois

Utilisateurs

2 utilisateurs minimum

Essai gratuit

14 jours

Support

Chat & Email

Autres alternatives à considérer

💡 Alternative
Indy

Indy

4.8

/5

Découvrir

Indy est un outil français de comptabilité et de facturation destiné aux indépendants. Il propose un plan gratuit, une synchronisation bancaire automatique et un compte pro intégré pour simplifier la gestion du quotidien.

Prix:

Gratuit à 49.00€ HT/mois

Plan gratuit sans limite de durée pour démarrer sans engagement

Synchronisation bancaire automatique pour réduire la saisie manuelle

💡 Alternative
Tiime

Tiime

4.8

/5

Découvrir
Tiime : facturation gratuite et illimitée avec compte pro bancaire intégré, utilisé par 200 000+ entrepreneurs français.

Prix:

Gratuit (dès 17.99€ HT/mois)

Facturation gratuite illimitée

Compte pro bancaire intégré

💡 Alternative
Qonto

Qonto

4.8

/5

Découvrir
Qonto est la solution française de gestion financière pour indépendants et PME : compte pro, cartes, facturation et pilotage des dépenses, intégrations comptables (Sage, Cegid, Pennylane) et API. Essai gratuit 30 jours.

Prix:

À partir de 9€/mois (HT)

Interface et support en français : Conçu pour le marché français, conformité locale

Facturation et comptabilité intégrées : Devis/factures, rapprochement automatique, export vers Sage, Cegid, Pennylane

💡 Alternative
Henrri

Henrri

4.8

/5

Découvrir
Henrri est l'outil de facturation gratuit à vie du groupe Rivalis : factures, devis et utilisateurs illimités, sans publicité, prêt pour la facturation électronique.

Prix:

Gratuit (offres payantes dès 17€ TTC/mois)

Factures, devis et utilisateurs illimités dès la version gratuite

Conforme loi anti‑fraude TVA et préparée pour la facturation électronique 2026

💡 Alternative
Dougs

Dougs

4.1

/5

Découvrir
Dougs est un service d'expertise comptable en ligne qui automatise votre comptabilité et vous accompagne au quotidien. Synchronisation bancaire, factures conformes et déclarations prises en charge, avec conseil illimité, dès 29€ HT/mois.

Prix:

Dès 29 € HT/mois

Accompagnement illimité et équipes réactives par chat, email ou visio

Interface accessible (web + mobile) avec synchronisation bancaire automatisée

Comparaison détaillée

LogicielPrixUsersFactu.FRMobileAPI
Pennylane
Pennylane
4.6
14€ - 79€/mois HTPar entreprise
Axonaut
Axonaut
4.6
34,99 € HT/mois1 inclus (+29,99 €/user)
Sellsy
Sellsy
3.8
29€/utilisateur/mois2 utilisateurs minimum
Indy
Indy
4.8
Gratuit à 49.00€ HT/moisPar entreprise, mensuel/annuel
Tiime
Tiime
4.8
Gratuit (dès 17.99€ HT/mois)Par entreprise mensuel
Qonto
Qonto
4.8
9€/mois (HT)600 000+ entreprises
Henrri
Henrri
4.8
Gratuit (offres payantes dès 17€ TTC/mois)Freelances, auto-entrepreneurs, TPE de services et associations
Dougs
Dougs
4.1
Dès 29 € HT/mois37000+ entreprises

Comment choisir ?

Le choix du logiciel dépend de votre régime fiscal et de votre collaboration avec un expert-comptable.

Critères essentiels pour entreprise individuelle

  • Gestion complète de la TVA (collectée, déductible, déclaration)
  • Export comptable compatible avec votre expert-comptable
  • Rapprochement bancaire automatique
  • Suivi de trésorerie et tableau de bord
  • Statut PA/PDP pour la conformité 2026

Points d'attention

  • Vérifiez la compatibilité avec le logiciel de votre expert-comptable
  • Attention aux fonctionnalités comptables trop basiques
  • Évitez les solutions pensées uniquement pour les micro-entrepreneurs
  • Assurez-vous que le logiciel gère bien le régime réel simplifié

Notre conseil

Pour une entreprise individuelle au régime réel, Pennylane est notre recommandation : comptabilité complète, collaboration avec l'expert-comptable, et gestion de la TVA automatisée. Axonaut et Sellsy sont d'excellentes alternatives pour ceux qui veulent aussi un CRM.

Questions
fréquentes

Retrouvez ici les réponses aux questions les plus fréquentes.

Sources

Dernière vérification : 05/02/2026