Meilleur logiciel Facturation Agréé pour Auto-entrepreneur
Découvrez notre classement des meilleurs logiciels de facturation électronique pour auto-entrepreneurs. Tous les outils présentés sont agréés PA/PDP et conformes à la réforme 2026.
Vous êtes auto-entrepreneur et cherchez un logiciel de facturation électronique simple et abordable ? On a testé et comparé 8 solutions agréées PA/PDP adaptées aux freelances et micro-entrepreneurs.
Pourquoi ce comparatif pour les auto-entrepreneurs ?
En tant qu’auto-entrepreneur (ou micro-entrepreneur), vous avez des besoins spécifiques : un logiciel simple à utiliser, abordable, et qui gère automatiquement les spécificités de votre régime fiscal (franchise de TVA, plafonds de chiffre d’affaires, etc.).
Avec la réforme de la facturation électronique 2026, vous devrez être capable de recevoir des factures électroniques dès septembre 2026, et d’en émettre à partir de septembre 2027. Pas de panique : plusieurs solutions sont parfaitement adaptées à votre activité.
On a testé 8 logiciels particulièrement pertinents pour les auto-entrepreneurs et freelances, en évaluant leur simplicité, leur prix, et leur conformité à la réforme. Parmi les alternatives spécialisées, consultez aussi Freebe, gestion dédiée aux freelances.
Notre méthodologie
Test de chaque solution avec un compte réel en configuration auto-entrepreneur
Évaluation de la gestion de la franchise de TVA et des mentions obligatoires
Test de la simplicité d’utilisation et du temps de création d’une facture
Vérification du statut PA/PDP sur le registre officiel de la DGFIP
Analyse du rapport qualité/prix (offres gratuites vs payantes)
Test de l’application mobile pour la facturation en déplacement
Ce classement est établi en toute indépendance. Nous ne percevons aucune commission sur les ventes. Les éditeurs ne peuvent pas payer pour améliorer leur position.
Notre classement
Indy est un logiciel français de comptabilité et de facturation pour indépendants. Son plan gratuit comprend la synchronisation bancaire, les devis, les factures et un compte pro optionnel.
Points forts
Plan gratuit permanent avec facturation et comptabilité automatisée
Synchronisation bancaire et catégorisation automatique des transactions
Compte pro gratuit intégré avec IBAN et carte optionnelle
Inconvénients
Déclarations fiscales, bilan et liasse fiscale réservés aux plans payants
Solution pensée d'abord pour les indépendants et les petites structures
Expert-comptable partenaire disponible seulement en option payante
Prix
0 € ; Plus dès 9 € HT/mois en annuel
Utilisateurs
Micro-entrepreneurs, entreprises individuelles, professions libérales, SCI, LMNP et sociétés à l'IS
Essai gratuit
14 jours
Support
Chat & Email
Points forts
Factures, devis, avoirs et utilisateurs illimités dans l'offre gratuite
Émission et réception de factures électroniques incluses via la PA Pennylane
Interface et support en français
Inconvénients
Pas de comptabilité complète ni d'établissement du bilan
Expérience mobile encore partielle, avec une application annoncée en bêta dans les offres payantes
API existante mais privée, sans accès public standard pour les petites structures
Prix
0 € ; Expert dès 12 € HT/mois en annuel
Utilisateurs
Freelances, auto-entrepreneurs, TPE de services et associations
Essai gratuit
14 jours
Support
Chat & Email
Points forts
Facturation gratuite illimitée
Compte pro bancaire intégré
Prêt pour la facturation électronique 2026
Inconvénients
Fonctionnalités avancées payantes
Pas de gestion de stock native
Aucune API publique
Prix
0 € ; Smart dès 17,99 € HT/mois en annuel
Utilisateurs
Par entreprise mensuel
Essai gratuit
14 jours
Support
Chat & Email
Autres alternatives à considérer
Pennylane
4.6
/5
Prix:
14€ - 79€/mois HT
Pilotage de trésorerie en temps réel
Synchronisations bancaires et paiements intégrés
Axonaut
4.6
/5
Prix:
À partir de 38 € HT/mois selon la durée
Plateforme 100% française tout-en-un : CRM, facturation, trésorerie, stock, comptabilité, compte pro et bien plus dans une interface claire et abordable
320 000 utilisateurs et adoption continue : déployée par plus de 12 000 structures françaises
Qonto
4.8
/5
Prix:
À partir de 9€/mois (HT)
Interface et support en français : Conçu pour le marché français, conformité locale
Facturation et comptabilité intégrées : Devis/factures, rapprochement automatique, export vers Sage, Cegid, Pennylane
Sellsy
3.8
/5
Prix:
De 35 à 79 € HT/utilisateur/mois, engagement 12 mois
Suite CRM + facturation native, conforme RGPD et hébergée en France
API REST v2 et intégrations, modules complémentaires (trésorerie)
Dougs
4.6
/5
Prix:
Dès 49 € HT/mois en BNC
Accompagnement illimité et équipes réactives par chat, email ou visio
Interface accessible (web + mobile) avec synchronisation bancaire automatisée
Comparaison détaillée
| Logiciel | Prix | Users | Factu. | FR | Mobile | API |
|---|---|---|---|---|---|---|
 Indy 4.8 | 0 € ; Plus dès 9 € HT/mois en annuel | Micro-entrepreneurs, entreprises individuelles, professions libérales, SCI, LMNP et sociétés à l'IS | ||||
 Henrri 4.7 | 0 € ; Expert dès 12 € HT/mois en annuel | Freelances, auto-entrepreneurs, TPE de services et associations | ||||
 Tiime 4.8 | 0 € ; Smart dès 17,99 € HT/mois en annuel | Par entreprise mensuel | ||||
Pennylane 4.6 | 14€ - 79€/mois HT | Par entreprise | ||||
Axonaut 4.6 | 38 € HT/mois selon la durée | 1 inclus (+29,99 €/user) | ||||
Qonto 4.8 | 9€/mois (HT) | 600 000+ entreprises | ||||
Sellsy 3.8 | De 35 à 79 € HT/utilisateur/mois, engagement 12 mois | 2 utilisateurs minimum | ||||
Dougs 4.6 | Dès 49 € HT/mois en BNC | 49 000+ entrepreneurs |
Notre conseil
Pour un auto-entrepreneur, la simplicité prime. Indy est notre recommandation : interface intuitive, gestion automatique de la franchise TVA, et tarif très abordable. Abby et Tiime sont d’excellentes alternatives gratuites pour démarrer.
Questions
fréquentes
Retrouvez ici les réponses aux questions les plus fréquentes.
Sources
Dernière vérification : 05/02/2026
- 1Liste officielle des PA/PDP
DGFIP - Registre officiel
- 2
- 3Calendrier facturation électronique
Ministère de l’Économie
Comment choisir ?
En tant qu’auto-entrepreneur, vos critères de choix sont différents d’une PME. Voici ce qui compte vraiment.
Critères essentiels pour auto-entrepreneur
Points d’attention