Meilleur logiciel Facturation Agréé pour Micro-entreprise
Découvrez notre classement des meilleurs logiciels de facturation électronique pour micro-entreprises. Tous les outils présentés sont agréés PA/PDP et conformes à la réforme 2026.
Vous dirigez une micro-entreprise et cherchez un logiciel de facturation électronique adapté au régime micro-fiscal ? On a testé et comparé 8 solutions agréées PA/PDP avec gestion simplifiée.
Pourquoi ce comparatif pour les micro-entreprises ?
Le statut de micro-entreprise (anciennement auto-entrepreneur) offre une gestion simplifiée avec un régime micro-fiscal avantageux. Mais cette simplicité doit se retrouver dans vos outils de facturation.
Avec la réforme de la facturation électronique 2026, les micro-entreprises doivent s'équiper d'un logiciel conforme. La bonne nouvelle : plusieurs solutions sont spécialement conçues pour gérer les spécificités du régime micro (franchise TVA, abattement forfaitaire, seuils de CA).
On a testé 8 logiciels adaptés aux micro-entreprises, en évaluant leur gestion du régime micro-fiscal et leur facilité d'utilisation.
Notre méthodologie
Test de chaque solution en configuration régime micro-fiscal
Évaluation de la gestion de la franchise de TVA et des seuils
Test des fonctionnalités de suivi du chiffre d'affaires et alertes seuils
Vérification du statut PA/PDP sur le registre officiel de la DGFIP
Analyse du rapport qualité/prix pour les petits volumes
Test de la génération des déclarations URSSAF
Ce classement est établi en toute indépendance. Nous ne percevons aucune commission sur les ventes. Les éditeurs ne peuvent pas payer pour améliorer leur position.
Notre classement
Indy est un logiciel français de comptabilité et de facturation pour indépendants. Son plan gratuit comprend la synchronisation bancaire, les devis, les factures et un compte pro optionnel.
Points forts
Plan gratuit permanent avec facturation et comptabilité automatisée
Synchronisation bancaire et catégorisation automatique des transactions
Compte pro gratuit intégré avec IBAN et carte optionnelle
Inconvénients
Déclarations fiscales, bilan et liasse fiscale réservés aux plans payants
Solution pensée d'abord pour les indépendants et les petites structures
Expert-comptable partenaire disponible seulement en option payante
Prix
0 € ; Plus dès 9 € HT/mois en annuel
Utilisateurs
Micro-entrepreneurs, entreprises individuelles, professions libérales, SCI, LMNP et sociétés à l'IS
Essai gratuit
14 jours
Support
Chat & Email
Points forts
Facturation gratuite illimitée
Compte pro bancaire intégré
Prêt pour la facturation électronique 2026
Inconvénients
Fonctionnalités avancées payantes
Pas de gestion de stock native
Aucune API publique
Prix
0 € ; Smart dès 17,99 € HT/mois en annuel
Utilisateurs
Par entreprise mensuel
Essai gratuit
14 jours
Support
Chat & Email
Points forts
Factures, devis, avoirs et utilisateurs illimités dans l'offre gratuite
Émission et réception de factures électroniques incluses via la PA Pennylane
Interface et support en français
Inconvénients
Pas de comptabilité complète ni d'établissement du bilan
Expérience mobile encore partielle, avec une application annoncée en bêta dans les offres payantes
API existante mais privée, sans accès public standard pour les petites structures
Prix
0 € ; Expert dès 12 € HT/mois en annuel
Utilisateurs
Freelances, auto-entrepreneurs, TPE de services et associations
Essai gratuit
14 jours
Support
Chat & Email
Autres alternatives à considérer
Pennylane
4.6
/5
Prix:
14€ - 79€/mois HT
Pilotage de trésorerie en temps réel
Synchronisations bancaires et paiements intégrés
Qonto
4.8
/5
Prix:
À partir de 9€/mois (HT)
Interface et support en français : Conçu pour le marché français, conformité locale
Facturation et comptabilité intégrées : Devis/factures, rapprochement automatique, export vers Sage, Cegid, Pennylane
Axonaut
4.6
/5
Prix:
À partir de 38 € HT/mois selon la durée
Plateforme 100% française tout-en-un : CRM, facturation, trésorerie, stock, comptabilité, compte pro et bien plus dans une interface claire et abordable
320 000 utilisateurs et adoption continue : déployée par plus de 12 000 structures françaises
Sellsy
3.8
/5
Prix:
De 35 à 79 € HT/utilisateur/mois, engagement 12 mois
Suite CRM + facturation native, conforme RGPD et hébergée en France
API REST v2 et intégrations, modules complémentaires (trésorerie)
Dougs
4.6
/5
Prix:
Dès 49 € HT/mois en BNC
Accompagnement illimité et équipes réactives par chat, email ou visio
Interface accessible (web + mobile) avec synchronisation bancaire automatisée
Comparaison détaillée
| Logiciel | Prix | Users | Factu. | FR | Mobile | API |
|---|---|---|---|---|---|---|
 Indy 4.8 | 0 € ; Plus dès 9 € HT/mois en annuel | Micro-entrepreneurs, entreprises individuelles, professions libérales, SCI, LMNP et sociétés à l'IS | ||||
 Tiime 4.8 | 0 € ; Smart dès 17,99 € HT/mois en annuel | Par entreprise mensuel | ||||
 Henrri 4.7 | 0 € ; Expert dès 12 € HT/mois en annuel | Freelances, auto-entrepreneurs, TPE de services et associations | ||||
Pennylane 4.6 | 14€ - 79€/mois HT | Par entreprise | ||||
Qonto 4.8 | 9€/mois (HT) | 600 000+ entreprises | ||||
Axonaut 4.6 | 38 € HT/mois selon la durée | 1 inclus (+29,99 €/user) | ||||
Sellsy 3.8 | De 35 à 79 € HT/utilisateur/mois, engagement 12 mois | 2 utilisateurs minimum | ||||
Dougs 4.6 | Dès 49 € HT/mois en BNC | 49 000+ entrepreneurs |
Notre conseil
Pour une micro-entreprise, Indy est idéal : il gère parfaitement le régime micro, calcule vos cotisations URSSAF et vous alerte en cas de dépassement de seuils. Tiime et Henrri sont d'excellentes alternatives gratuites.
Questions
fréquentes
Retrouvez ici les réponses aux questions les plus fréquentes.
Sources
Dernière vérification : 05/02/2026
- 1Liste officielle des PA/PDP
DGFIP - Registre officiel
- 2Le régime micro-entreprise
Ministère de l'Économie
- 3Seuils micro-entreprise 2026
Service-Public.fr
Comment choisir ?
Le choix du logiciel dépend de votre activité et de vos besoins spécifiques en tant que micro-entrepreneur.
Critères essentiels pour micro-entreprise
Points d'attention