Meilleur logiciel Facturation Agréé pour Micro-entreprise
Découvrez notre classement des meilleurs logiciels de facturation électronique pour micro-entreprises. Tous les outils présentés sont agréés PA/PDP et conformes à la réforme 2026.
Vous dirigez une micro-entreprise et cherchez un logiciel de facturation électronique adapté au régime micro-fiscal ? On a testé et comparé 8 solutions agréées PA/PDP avec gestion simplifiée.
Pourquoi ce comparatif pour les micro-entreprises ?
Le statut de micro-entreprise (anciennement auto-entrepreneur) offre une gestion simplifiée avec un régime micro-fiscal avantageux. Mais cette simplicité doit se retrouver dans vos outils de facturation.
Avec la réforme de la facturation électronique 2026, les micro-entreprises doivent s'équiper d'un logiciel conforme. La bonne nouvelle : plusieurs solutions sont spécialement conçues pour gérer les spécificités du régime micro (franchise TVA, abattement forfaitaire, seuils de CA).
On a testé 8 logiciels adaptés aux micro-entreprises, en évaluant leur gestion du régime micro-fiscal et leur facilité d'utilisation.
Notre méthodologie
Test de chaque solution en configuration régime micro-fiscal
Évaluation de la gestion de la franchise de TVA et des seuils
Test des fonctionnalités de suivi du chiffre d'affaires et alertes seuils
Vérification du statut PA/PDP sur le registre officiel de la DGFIP
Analyse du rapport qualité/prix pour les petits volumes
Test de la génération des déclarations URSSAF
Ce classement est établi en toute indépendance. Nous ne percevons aucune commission sur les ventes. Les éditeurs ne peuvent pas payer pour améliorer leur position.
Notre classement
Indy est un outil français de comptabilité et de facturation destiné aux indépendants. Il propose un plan gratuit, une synchronisation bancaire automatique et un compte pro intégré pour simplifier la gestion du quotidien.
Points forts
Plan gratuit sans limite de durée pour démarrer sans engagement
Synchronisation bancaire automatique pour réduire la saisie manuelle
Compte pro gratuit intégré avec IBAN et carte selon l'offre
Inconvénients
Options avancées (déclarations, liasse fiscale) réservées aux plans payants
Solution principalement orientée vers les travailleurs indépendants
Pas d'accompagnement comptable humain inclus dans le plan de base
Prix
Gratuit à 49.00€ HT/mois
Utilisateurs
Par entreprise, mensuel/annuel
Essai gratuit
14 jours
Support
Chat & Email
Points forts
Facturation gratuite illimitée
Compte pro bancaire intégré
Prêt pour la facturation électronique 2026
Inconvénients
Fonctionnalités avancées payantes
Pas de gestion de stock native
Aucune API publique
Prix
Gratuit (dès 17.99€ HT/mois)
Utilisateurs
Par entreprise mensuel
Essai gratuit
14 jours
Support
Chat & Email
Points forts
Factures, devis et utilisateurs illimités dès la version gratuite
Conforme loi anti‑fraude TVA et préparée pour la facturation électronique 2026
Interface et support intégralement en français
Inconvénients
Pas d'application mobile complète (iOS "Henrri Pay" pour encaissement uniquement ; pas d'app Android)
API privée sans intégrations publiques disponibles (Zapier, webhooks)
Fonctions avancées et e‑facture 2026 accessibles uniquement sur les offres payantes
Prix
Gratuit (offres payantes dès 17€ TTC/mois)
Utilisateurs
Freelances, auto-entrepreneurs, TPE de services et associations
Essai gratuit
14 jours
Support
Chat & Email
Autres alternatives à considérer
Pennylane
4.6
/5
Prix:
14€ - 79€/mois HT
Pilotage de trésorerie en temps réel
Synchronisations bancaires et paiements intégrés
Qonto
4.8
/5
Prix:
À partir de 9€/mois (HT)
Interface et support en français : Conçu pour le marché français, conformité locale
Facturation et comptabilité intégrées : Devis/factures, rapprochement automatique, export vers Sage, Cegid, Pennylane
Axonaut
4.6
/5
Prix:
À partir de 34,99 € HT/mois
Plateforme 100% française tout-en-un : CRM, facturation, trésorerie, stock, comptabilité, compte pro et bien plus dans une interface claire et abordable
320 000 utilisateurs et adoption continue : déployée par plus de 12 000 structures françaises
Sellsy
3.8
/5
Prix:
À partir de 29€/utilisateur/mois
Suite CRM + facturation native, conforme RGPD et hébergée en France
API REST v2 et intégrations, modules complémentaires (trésorerie)
Dougs
4.1
/5
Prix:
Dès 29 € HT/mois
Accompagnement illimité et équipes réactives par chat, email ou visio
Interface accessible (web + mobile) avec synchronisation bancaire automatisée
Comparaison détaillée
| Logiciel | Prix | Users | Factu. | FR | Mobile | API |
|---|---|---|---|---|---|---|
 Indy 4.8 | Gratuit à 49.00€ HT/mois | Par entreprise, mensuel/annuel | ||||
 Tiime 4.8 | Gratuit (dès 17.99€ HT/mois) | Par entreprise mensuel | ||||
 Henrri 4.8 | Gratuit (offres payantes dès 17€ TTC/mois) | Freelances, auto-entrepreneurs, TPE de services et associations | ||||
Pennylane 4.6 | 14€ - 79€/mois HT | Par entreprise | ||||
Qonto 4.8 | 9€/mois (HT) | 600 000+ entreprises | ||||
Axonaut 4.6 | 34,99 € HT/mois | 1 inclus (+29,99 €/user) | ||||
Sellsy 3.8 | 29€/utilisateur/mois | 2 utilisateurs minimum | ||||
Dougs 4.1 | Dès 29 € HT/mois | 37000+ entreprises |
Notre conseil
Pour une micro-entreprise, Indy est idéal : il gère parfaitement le régime micro, calcule vos cotisations URSSAF et vous alerte en cas de dépassement de seuils. Tiime et Henrri sont d'excellentes alternatives gratuites.
Questions
fréquentes
Retrouvez ici les réponses aux questions les plus fréquentes.
Sources
Dernière vérification : 05/02/2026
- 1Liste officielle des PA/PDP
DGFIP - Registre officiel
- 2Le régime micro-entreprise
Ministère de l'Économie
- 3Seuils micro-entreprise 2026
Service-Public.fr
Comment choisir ?
Le choix du logiciel dépend de votre activité et de vos besoins spécifiques en tant que micro-entrepreneur.
Critères essentiels pour micro-entreprise
Points d'attention